Redningsskibet 'Lifeline' lagde onsdag aften til kaj i den maltesiske havneby Valetta efter at have drevet rundt på Middelhavet i dagevis med over 200 migranter om bord.
Tidligere på dagen fik skibet tilladelse til at gå ind til Valetta, efter at der var indgået en aftale om at fordele migranterne i syv EU-lande.
Det oplyste Maltas premierminister, Joseph Muscat.
Skibet, der kommer fra den tyske nødhjælpsorganisation Mission Lifeline, vil blive beslaglagt, oplyser myndighederne i Malta.
Det vil det være, indtil myndighederne har afsluttet en undersøgelse af, om skibet har været i et lovligt ærinde.
Skibet havde indtil udmeldingen fra Maltas regeringsleder sejlet rundt i Middelhavet. Det har afventet reaktioner fra EU-landenes regeringer for at finde ud af, hvordan migranterne om bord på skibet skulle fordeles.
Migranterne var blevet samlet op fra gummibåde ud for Libyens kyst.
Det var den italienske premierminister, Giuseppe Conte, som tirsdag præsenterede en ny model for håndteringen af migranter på skibet.
En løsning for 'Lifeline' blev også drøftet intenst mandag mellem premierminister Muscat og Frankrigs præsident, Emmanuel Macron. En fransk regeringstalsmand sagde, at der var fokus på 'en europæisk løsning'.
De syv EU-lande, der nu har indvilget i at tage imod migranterne, er Italien, Luxembourg, Holland, Portugal, Irland, Belgien og Frankrig.
Norge har også tilbudt at tage imod 15 migranter, oplyser det norske udenrigsministerium i en pressemeddelelse.
Malta afviste tirsdag i sidste uge redningsskibet 'Aquarius', der også var blevet afvist i en italiensk havn. Skibet sejlede for den franske organisation SOS Mediterranée.
'Aquarius' havde samlet 629 migranter op fra gummibåde ud for Libyens kyst. Skibet blev siden modtaget af Spanien.
Også containerskibet 'Alexander Maersk' lå i flere dage ud for Siciliens kyst, efter at det havde samlet flere end 100 nødstedte mennesker op i Middelhavet.
Natten til tirsdag fik det danske skib dog tilladelse til at lægge til i havnen Pozzallo på Sicilien.